Neste universo, Yggdrasil é o computador central que suporta e controla a Digital World. A certo ponto, a multiplicação dos Digimons chegou a tal limite que provocou uma sobrecarga no sistema. Esse problema desencadeou a chamada "Digital Hazard" (Catástrofe Digital).
Yggdrasil decidiu tomar providências: primeiro, criou o "New Digital World", que consistiu na formação de três camadas: Ulud (passado), Versandi (presente), e Skuld (futuro); segundo, lançou os programas "Project Ark" e "X-Program" para eliminar todos os Digimons que Yggdrasil considerava dispensáveis. Mas graças ao programa "X-Antibody", vários digimons ficaram imunes ao X-Program. Yggdrasil decide então enviar os Royal Knights para garantir a ordem no Mundo Digital.
Três crianças vão parar a este universo: Kouta, Yuuji, e Shinji. Os dois primeiros encontram-se com os seus parceiros Dorumon e Ryuudamon, e fazem parte da resistência contra Yggdrasil e os Royal Knights. Shinji, contudo, parece ter ficado do lado de Yggdrasil.

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